Thèse : Levures et Biodiversité et évolution de la flore de cave

Porteur(s) : Université de Bourgogne Franche-Comté

Directeur de thèse : Michèle Guilloux-Benatier (UMP PAM, Équipe Valmis)

Financeur(s) : Conseil Régional Bourgogne-Franche-Comté ; Bureau Interprofessionnel des Vins de Bourgogne

Période du projet : 2016-2019

Présentation

La protection de l’environnement est au cœur des préoccupations que ce soit au niveau gouvernemental, des collectivités, des entreprises mais également au niveau de l’individu. Dans ce contexte socio-économique, l’usage des produits phytosanitaires en viticulture fait partie intégrante de ces préoccupations. Ainsi très récemment, plusieurs travaux scientifiques portant sur les impacts de différentes modes de conduite du vignoble (raisonné, biologique, biodynamique) ont été publiés.

Dans le cadre des travaux conduits au laboratoire, une étude comparative de l’impact de trois modes de conduite, avec un focus plus particulier sur les différences de protections phytosanitaires (biologique, raisonnée et raisonnée avec réduction de doses) sur la diversité des levures présentes sur baies a été réalisée.

Ainsi, des différences de diversité des levures présentes sur baies en fonction de la protection phytosanitaire ont été mises en évidence : les baies des ceps ayant reçu une protection biologique présente moins de diversité. Si par ces travaux, nous confirmons l’impact de la protection phytosanitaire sur la diversité, nous avons également mis en évidence que les étapes préfermentaires modifiaient la diversité. Une diminution des genres levuriens est observée au cours des étapes. Le sulfitage facilite l’implantation des levures du genre Saccharomyces au profit des levures non Saccharomyces (NS), mais certaines levures non Saccharomyces peuvent se maintenir dans les premières étapes de vinification avant de disparaitre quand la concentration en éthanol est trop importante (5-6%v/v). De plus, si certains genres disparaissent, d’autres sont isolés dans le moût et au cours de la fermentation alcoolique (FA) alors qu’ils n’ont pas été retrouvés sur baies. (Grangeteau et al., 2014). Quelle est l’origine de ces genres levuriens ? Afin de répondre à cette question, des isolements ont été réalisés sur baies, dans la cave et dans le moût et le vin et grâce à l’utilisation de la technique d’identification IR-FT, nous avons pu, pour deux genres levuriens isolés Candida et Hanseniaspora, identifier chaque isolat au niveau de la souche et déterminer leur origine. Dans d’autres travaux précédemment publiés, les mêmes genres étaient retrouvés sur baies, en cuve et dans l’environnement de la cave sans jamais démontrer l’existence de transferts entre les différents compartiments et quelle était l’origine exacte des flores impliquées dans la FA (Santamaria et al., 2005-2008 ; Ocon et al. 2010-2013 ; Bokulich et al., 2013 ; Perez-Martin et al., 2014). Nos travaux ont mis en évidence pour la première fois pour des levures non Saccharomyces (NS), ce qui avait été démontré pour les souches de levures Saccharomyces cerevisiae (Le Jeune et al., 2006; Mercado et al., 2007; Santamaría et al., 2005) : à savoir que la majorité des souches NS retrouvées au cours de la FA ont une origine cave et non vignoble. De plus, nous avons également mis en évidence que certaines souches isolées dans l’environnement de la cave (air, sol, matériel) pouvaient s’implanter dans le moût et perdurer d’une campagne à l’autre. Très peu de souches isolées dans le moût et/ou au cours de la FA ont une origine vignoble pour les 2 genres étudiés.

Ces résultats novateurs, qui confirment que la levure de terroir serait « une arlésienne », amènent à d’autres questions. Existe-t-il une flore résidante de cave spécifique en relation avec le mode de conduite appliquée au vignoble mais également en cave ? Un domaine en viticulture biologique présente-t-il une flore spécifique de cave comparé à un domaine en viticulture raisonnée ? Est-ce qu’une cave avec des problèmes récurrents de défauts (présence de Brettanomyces) présente une flore résidante spécifique ? Une cave avec une importante biodiversité est-elle moins sujette à la contamination par Brettanomyces ? Ces questions sont d’actualité et correspondent à une attente des professionnels de la filière. En effet, depuis quelques années, l’intérêt des professionnels pour les levures NS et les levures présentes dans leurs cuveries est grandissant. Les problèmes de contamination par la levure Brettanomyces ne sont pas encore tous résolus.

Ainsi cette thèse vise à répondre à ces différentes questions et hypothèses. L’utilisation d’une technique innovante (IR-TF), allant jusqu’à l’identification des levures jusqu’au niveau de la souche, permettra d’analyser un nombre important d’isolats ce qui conforte les  résultats. De plus avec les évolutions techniques actuelles, il sera vraisemblablement possible d’appliquer cette technique à l’ensemble des genres levuriens/espèces non Saccharomyces.